Sebagaimana virus korona penyebab SARS dan MERS, virus SARS-CoV-2 diduga awalnya berinang di kelelawar. Tidak hanya virus korona, kelelawar juga menjadi inang beragam virus lainnya.

Kajian David Robertson dan tim dari Pusat Riset Virus Universitas Glasgow, Inggris, dalam jurnal Nature pada Juli 2020 menyimpulkan, SARS-CoV-2 memiliki garis keturunan dari virus korona umumnya yang telah beredar beberapa dekade pada kelelawar tapal kuda.

Ini menguatkan riset Peng Zhou dan tim dari Wuhan Institute of Virology, seperti termuat dalam jurnal Nature 3 Februari 2020. Disebutkan, urutan genom lengkap virus SARS-CoV-2 yang ditemukan pada lima pasien di tahap awal wabah, memiliki kemiripan 79,5 persen dengan SARS-CoV. Virus SARS-CoV-2 juga 96 persen identik dengan virus korona yang ditemukan pada kelelawar tapal kuda di Guangzhou.

”Jika virus ini buatan manusia, akan terlihat dalam genomnya,” bantah Robertson. ”Selain itu, jika Anda ingin membuat virus korona yang dapat ditularkan oleh manusia, Anda hampir pasti akan mulai dengan virus SARS. Virus SARS-CoV-2 ini tidak seperti yang pernah kita lihat sebelumnya. Sangat tidak mungkin seseorang membuatnya karena virus ini tidak disatukan dari potongan-potongan yang kita ketahui.”

Kajian Kristian G Andersen dan tim dari Department of Immunology and Microbiology, The Scripps Research Institute, Amerika Serikat, yang termuat dalam jurnal Nature pada 17 Maret 2020, mencoba mengonstruksi bagaimana perpindahan virus SARS-CoV-2 dari binatang ke manusia.

Hipotesis pertama, adanya seleksi alam pada hewan inang sebelum terjadinya lompatan zoonosis. Karena banyak kasus awal Covid-19 dikaitkan dengan Pasar Huanan di Wuhan, ada kemungkinan sumber hewan memang berada di lokasi ini. Bisa jadi berasal dari trenggiling malaya (Manis javanica) yang diimpor secara ilegal ke Provinsi Guangdong. Trenggiling ini mengandung virus korona yang mirip dengan SARS-CoV-2.

Peneliti genomik molekuler dari Aligning Bioinformatics dan anggota konsorsium Covid-19 Genomics UK, Riza Arief Putranto mengatakan, saat ini kita berkejaran dengan kemunculan varian baru SARS-CoV-2. Semakin tak terkendali dan meluas kasusnya, peluang terjadinya mutasi baru juga meningkat.

Sejumlah studi menunjukkan, sekalipun vaksin yang ada saat ini masih mampu bekerja terhadap varian baru B 1.351, kemanjurannya berkurang. Misalnya, vaksin Pfizer yang menjadi kurang efektif meskipun masih berfungsi. Demikian pula dengan vaksin Moderna yang masih efektif, walaupun respons imun tidak sekuat sebelumnya.

Vaksin Novavax yang diujikan terhadap varian ini menunjukkan tingkat efikasinya tinggal 60 persen dalam mencegah gejala. Sementara vaksin Johnson & Johnson hanya 57 persen efektif untuk varian Afrika Selatan, dibandingkan efikasinya saat diujikan di Amerika Serikat yang mencapai 72 persen. Sejauh ini belum ada data terkait efikasi vaksin Sinovac terhadap varian baru dari Afrika Selatan.

Namun, wabah sindrom pernapasan akut yang parah (SARS) dan sindrom pernapasan Timur Tengah (MERS) telah membalikkan koin. Kedua jenis virus itu mengungkapkan potensi infeksi HCoV yang dapat menghancurkan dan mengancam nyawa.

Munculnya SARS-CoV-2 di Wuhan pada akhir tahun 2019 kembali membuat CoV menjadi sorotan dan mengejutkan dengan penularannya yang tinggi, meskipun tingkat patogenisitasnya lebih kecil dibandingkan ”saudara”-nya, SARS-CoV.

Ini berarti, virus korona (CoV) memang terus berubah alias bermutasi guna beradaptasi dan akhirnya berhasil menjadi pandemi terbesar di abad ini. Untuk memahaminya, kita perlu menelisik ke dalam jasad renik berukuran sekitar 0,1 nano meter atau sekitar 1/1.000 ukuran rambut manusia dan bagaimana mekanisme mutasinya.

Dengan kata lain, mutasi yang terjadi bukan lagi secara acak, melainkan spesifik, sebagai respons terhadap tekanan yang dialami dalam rangka bertahan. Ini lebih menguntungkan, tentu saja bagi virus.

Dokter Inggris yang menghabiskan 102 hari merawat pasien Covid-19 dengan kanker mendokumentasikan bagaimana virus tersebut bermutasi adaptif saat diberikan plasma konvalesen atau plasma penyembuhan.

Fenomena ini dilaporkan oleh Steven A Kemp dan tim, peneliti infeksi dan imunologi dari University College London dalam jurnal Nature pada 5 Februari 2021. Selama 57 hari pertama, pasien ini mendapat terapi remdesivir, kemudian mendapatkan donor plasma penyembuhan.

Pasien Covid-19 ini adalah seorang pria berusia tujuh puluhan tahun yang sebelumnya didiagnosis mengalami limfoma sel B marginal dan baru saja menerima kemoterapi. Itu berarti sistem kekebalannya sangat terganggu. Setelah dirawat, pasien diberikan sejumlah pengobatan, termasuk remdesivir obat antivirus, dan plasma penyembuhan atau plasma konvalesen yang mengandung antibodi dari darah penyintas Covid-19.

Rekombinasi virus ini ditemukan dalam sampel virus di California berisi varian B.1.1.7 yang lebih menular (berasal dari Inggris) dan varian B.1.429 yang berasal dari California. Diduga, mutasi virus inilah yang bertanggung jawab atas gelombang kasus Covid-19 di Los Angeles.

Rekombinan ini ditemukan oleh Bette Korber di Laboratorium Nasional Los Alamos di New Mexico dan disampaikan dalam pertemuan Akademi Ilmu Pengetahuan New York pada 2 Februari 2021. Menurut dia, ada bukti yang cukup jelas dalam basis data genom virus AS.

Dalam presentasinya, Korber menyebutkan, ”Kami menemukan setidaknya satu rekombinan.” Dia juga memperlihatkan representasi grafis genom virus yang menunjukkan adanya mosaik urutan dari dua garis keturunan berbeda, yang sulit dijelaskan kecuali melalui rekombinasi.

Peluang munculnya beragam varian dengan berbagai karakter yang berbeda dengan varian sebelumnya semakin terbuka. Bahkan, bukan tidak mungkin beragam varian baru sebenarnya telah ada tengah-tengah kita. Namun, karena surveilans genom membuatnya tak semua terdeteksi. Sebagai negara yang menjadi episentrum wabah, Indonesia berpeluang menghasilkan berbagai varian baru, sebagaimana terjadi di India, Amerika, Inggris, Brasil, dan Afrika Selatan.

Sejauh ini, kapasitas surveilans genomik Indonesia untuk mendeteksi varian baru SARS-CoV-2 masih sangat kecil. Berdasarkan analisis yang dilakukan Riza dari data GISAD dan Wordometer, hingga akhir April 2021, Indonesia baru mendaftarkan 394 total genom SARS-CoV-2. Jumlah ini hanya 0,03 persen dari total kasus Covid-19 di Indonesia. Berdasarkan jumlah total genom yang didaftarkan ke bank data GISAID, Indonesia hanya menempati peringkat ke-7 dari 10 negara di Asia Tenggara.

Hampir 90 persen responden berpendapat, virus korona akan menjadi endemik. Artinya, akan terus beredar di kantong-kantong populasi global selama tahun-tahun mendatang.

”Memberantas virus ini dari dunia kita sekarang sama seperti mencoba membangun jalur batu loncatan ke Bulan. Tidak realistis,” kata Michael Osterholm, ahli epidemiologi dari University of Minnesota, Minneapolis, AS, dalam jurnal Nature (16 Februari 2021).

Akan tetapi, para ilmuwan membesarkan hati. Kegagalan pemberantasan virus, menurut mereka, bukan berarti kematian, penyakit, atau isolasi sosial akan terus terjadi dalam skala seperti yang terlihat saat ini. Masa depan akan sangat bergantung pada jenis kekebalan yang diperoleh manusia melalui infeksi atau vaksinasi serta pada bagaimana virus ini berkembang.

Virus ini dikaitkan dengan yang dikaitkan dengan berbagai gejala sakit pernapasan, mulai dari flu biasa hingga pneumonia dan bronkiolitis yang banyak menginfeksi anak-anak dalam tahun pertama kehidupan.

Setahun kemudian ditemukan lagi virus korona alfa yang menginfeksi manusia dan dinamakan HCoV-OC43. Sebagian besar virus ini dikaitkan dengan infeksi ringan saluran pernapasan bagian atas meskipun juga diduga berperan dalam bentuk penyakit neurologis yang lebih parah, termasuk ensefalitis. Analisis filogenetik menunjukkan, OC43 awalnya ada di tikus, lalu berpindah ke sapi, dan menginfeksi manusia menjelang pergantian abad ke-20.

Baik virus korona 229E maupun OC43 sampai sekarang masih ada alias endemik dalam kehidupan manusia. Namun, karena dampaknya tidak terlalu fatal, keberadaannya jarang menjadi perhatian.

Hingga pada 2002, muncul virus korona baru di Guangdong, China, yang menyebabkan infeksi akut pada saluran pernapasan atau yang dikenal sebagai SARS-CoV. Kurang dari setahun, virus ini menginfeksi 8.450 orang di 33 negara di lima benua, dengan 810 orang di antaranya meninggal. Cepatnya penyebaran dan tingginya tingkat kefatalan membuat virus korona untuk pertama kalinya menjadi momok menakutkan.

Untuk mengatasi SARS, sejumlah vaksin telah dikembangkan dan diuji pada model hewan, terutama pada musang dan tikus. Semua vaksin menghasilkan kekebalan pelindung, tetapi juga menimbulkan komplikasi berupa gangguan imunitas pada hewan.